Алоимунска, или изоимунска, неутропенија новорођенчади јавља се код фетуса због антигенске некомпатибилности неутрофила фетуса и мајке. Мајчина изоантитела припадају IgG класи, продиру кроз плацентну баријеру и уништавају неутрофиле детета. Изоантитела су обично леукоаглутинини, реагују са ћелијама пацијента и његовог оца, не реагују са ћелијама мајке.