Узроци склерозирајућег холангитиса су бројни. Његов исход је прогресивна фиброза и, као последица тога, нестанак интра- и/или екстрахепатичних жучних канала. У раним фазама, оштећење жучних канала и хепатоцита није толико изражено, касније се развија отказивање јетре.