Неке врсте аутоимуног хепатитиса немају јасно утврђен узрок, док су друге повезане са познатим агенсима као што је тијенска киселина (диуретик) или са болестима као што су хепатитис Ц и Д. Генерално, аутоимуни хепатитис непознате етиологије има драматичнију клиничку слику, са вишом активношћу серумских трансаминаза и нивоима γ-глобулина, хистологијом јетре која указује на већу активност него у случајевима познате етиологије и бољим одговором на терапију кортикостероидима.