Клинички, дијагноза шигелозе може се поставити само у случајевима типичне колитичне варијанте болести. Ради разјашњења дијагнозе у случајевима који нису потврђени лабораторијским тестовима, врши се ректоскопија, која у свим случајевима шигелозе открива слику колитиса (катаралног, хеморагичног или ерозивно-улцеративног) са оштећењем слузокоже дисталног дебелог црева, често сфинктеритисом.