Лечење менингококне инфекције зависи од клиничког облика болести. У случају назофарингитиса, терапија је симптоматска. Уколико се дијагноза потврди бактериолошки, користе се бензилпеницилин, ампицилин, цефалоспорини прве и друге генерације, хлорамфеникол, пефлоксацин у просечним терапијским дозама током 3 дана. Не треба користити ко-тримоксазол и аминогликозиде, на које је већина тренутно постојећих сојева менингокока отпорна.