У случају конгениталне цитомегаловирусне инфекције, природа оштећења фетуса зависи од периода инфекције. Акутна цитомегаловирусна инфекција код мајке у првих 20 недеља трудноће може довести до тешке феталне патологије, што резултира спонтаним побачајем, интраутерином смрћу фетуса, мртворођеношћу, дефектима, у већини случајева неспојивим са животом. У случају инфекције цитомегаловирусом у касним фазама трудноће, прогноза за живот и нормалан развој детета је повољнија.