У условима ниске инциденције, дијагностика малих богиња је сложена и подразумева процену епидемијске ситуације у окружењу пацијента, клиничко посматрање у динамици и серолошки преглед. Типичне мале богиње са Филатов-Белски-Копликовим мрљама, кашљем, цурењем из носа, коњунктивитисом и осипом, које се прво појављују на глави, лако се дијагностикују на основу клиничке слике.