Најчешће се псеудомембранозни колитис развија под утицајем дуготрајне употребе антибиотика ампицилина, линкомицина, клиндамицина, цефалоспорина, ређе - пеницилина, еритромицина, хлорамфеникола, тетрациклина. Clostridium difficile је спороформирајући грам-позитивни анаеробни штапић који је способан да производи две врсте егзотоксина: токсин А и токсин Б. Постоје четири главна узрока псеудомембранозног колитиса повезаног са C. difficile.