Најчешће индикације за трансплантацију рожњаче су булозна кератопатија (псеудофакична, Фуксова ендотелна дистрофија, афакична), кератоконус, ретрансплантација ткива, кератитис (вирусни, бактеријски, гљивични, акантамеба, перфорација) и стромалне дистрофије рожњаче.