Пацијенте брину следећи симптоми крпељног енцефалитиса: главобоља, општа слабост, малаксалост, грозница, осећај врућине, знојење, вртоглавица, бол у очним јабучицама и фотофобија, губитак апетита, бол у мишићима, костима, кичми, горњим и доњим екстремитетима, доњем делу леђа, врату и зглобовима.