Детекција патогена је од кључне важности за потврђивање дијагнозе пнеумоцистозе. Главни материјал за испитивање је спутум, бронхијални секрет, испирање добијено током бронхијалне лаваже или бронхоалвеоларне лаваже, комадићи плућног ткива узети током трансбронхијалне, перкутане или отворене биопсије. Најчешће, због тешког стања пацијента, ове манипулације се не спроводе како би се избегле компликације.