Узрочник вирусног енцефалитиса који преносе крпељи припада роду флавивируса. Вирион је сферног облика, пречника 40-50 nm, садржи РНК и добро се размножава у многим културама ткива. Од лабораторијских животиња, бели мишеви, хрчци, мајмуни и памучни пацови су најосетљивији на вирус. Многе домаће животиње су такође подложне вирусу крпељног енцефалитиса.