Крпељни енцефалитис изазива флавивирус, који преносе иксодидни крпељи, описани су случајеви инфекције путем свежег млека. Након 10-дневног периода инкубације, манифестује се катаром, грозницом, главобољом, боловима у зглобовима и лезијама ЦНС-а (енцефалитис - 30%, менингитис - 60%, менингоенцефалитис - 10%). Вакцинација против крпељног енцефалитиса у ендемским подручјима довела је до смањења инциденце.