Компликације билијарног тракта након трансплантације јетре развијају се у 10-20% случајева. То укључује стриктуре, цурење жучи, фистуле и холангитис. Могу се приметити стриктуре анастомоза изазване техничким грешкама, упалом услед цурења жучи и фиброзе, и стриктуре које нису повезане са анастомозама, формиране изнад анастомозе у правцу порта хепатиса, изазване у неким случајевима исхемијом канала.