Расцеп меког непца настаје када се ембрионални рудименти меког непца не срасту. Непчане плоче се не срастају потпуно дуж средње линије, што се реализује код различитих дефекта меког непца - од најнезначајнијих, на пример, када је само увула расцепљена (uvula bifida), до потпуне расцепљености меког непца, која често захвата и тврдо непце.