Сви пробиотици су подељени у неколико група у зависности од тога шта је основа класификације. Пробиотик може да садржи неколико компоненти, у том смислу се разликују монокомпонентни препарати, који имају само једну специфичну врсту бактерија. Ови микроорганизми су несумњиво корисни за црева, посебно за микрофлору.