Геном HCV-а је представљен једноланчаном позитивно наелектрисаном РНК, која кодира 3 структурна (језгро протеина нуклеокапсида и нуклеопротеини омотача E1-E2) и 5 структурних (NS1, NS2, NS3, NS4, NS5) протеина. За сваки од ових протеина, који се налазе у крви пацијената са вирусним хепатитисом C, синтетишу се АТ.