Одређивање антитела на микрозомалну фракцију штитне жлезде користи се за дијагнозу аутоимуног тиреоидитиса и хипотиреоидизма, код којих се повећава ниво антитела у крви. Антитела на микрозоме штитне жлезде формирају имуне комплексе на површини ћелија, активирају комплемент и цитотоксичне лимфоците, што доводи до уништења ћелија и формирања инфламаторног процеса у штитној жлезди.