Људски папилома вирус представља озбиљну претњу. Дијагностика је неопходна да би се утврдио сој инфекције и ризик од њене онкогености. Такве информације нам омогућавају да формулишемо најприкладнији и најефикаснији план лечења.
Дијагностика хламидије помоћу ПЦР-а је најосетљивија и најспецифичнија метода од свих које се тренутно користе у лабораторијама. Осетљивост методе је 95-97%, а специфичност 95-98%.
Микоплазме се сматрају опортунистичким патогенима. Оне перзистирају и паразитирају на мембранама епителних ћелија и могу се локализовати и екстра- и интрацелуларно.
ПЦР омогућава директно утврђивање присуства гонококне ДНК и квантитативно изражавање њихове концентрације у испитиваном материјалу. Испитивани материјал може бити спутум, течност за лаваж, урин, пунктати из различитих органа и циста итд.
Дијагностичка осетљивост ПЦР-а за детекцију Helicobacter pylori у биопсијама желудачне слузокоже је 88-95,4%, специфичност је 100%; у копрофилтратима - 61,4-93,7% и 100%, респективно.
За разлику од серолошких метода за дијагностиковање туберкулозне инфекције, које детектују антитела на Mycobacterium tuberculosis, PCR омогућава директно откривање ДНК Mycobacterium tuberculosis и квантитативно изражавање њихове концентрације у тест материјалу.
Недавно се за дијагностиковање херпесне инфекције користи детекција ДНК HSV 1 и 2 у материјалу из везикула и чирева коже или слузокоже (укључујући коњунктиву ока) коришћењем PCR методе (веома осетљива, специфична и брза дијагностичка метода).
Директно квантитативно одређивање ХИВ РНК помоћу ПЦР-а омогућава прецизније предвиђање брзине прогресије болести код ХИВ-инфицираних особа него одређивање броја ЦД4+ ћелија, а самим тим и прецизнију процену њиховог преживљавања. Висок број вирусних честица обично је у корелацији са тешким оштећењем имунитета и ниским бројем ЦД4+ ћелија.